La regla mas simple y sencilla seria excluir esa carpeta de ser reescrita, por tanto tan solo deberíamos crear un htaccess en dicha carpeta y pegar:

RewriteEngine Off

Pero no siempre es factible usar la regla anterior, pudiera darse el caso que ya tenemos un htaccess creado y con el OFF se nos modifica alguna regla, en este caso en el htaccess principal haríamos lo siguiente (coloco ejemplo completo de regla mod_rewrite y bloqueo de una carpeta):

<IfModule mod_rewrite.c>
	RewriteEngine on
        RewriteRule ^(CARPETAQUENOREWRITE1)($|/) - [L]
	RewriteBase /
	RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f 
	RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
	RewriteRule ^(.*)$ index.php?$1
</IfModule>

En el caso que fueran varias carpetas, sería:
RewriteRule ^(CARPETAQUENOREWRITE1|CARPETAQUENOREWRITE2)($|/) - [L]