Copiar un unico archivo a pendrive:

sudo cp /home/tu-usuario/Documentos/midocumento.doc /media/mi-pendrive

Copiar una carpeta a pendrive:

sudo cp -r /home/tu-usuario/Documentos /media/mi-pendrive

Copiar archivos, carpetas y subcarpetas sin crear carpeta principal:

sudo cp -r /home/tu-usuario/Documentos/* /media/mi-pendrive

Copiar archivos, carpetas y subcarpetas sobrescribiendo archivos en destino:

sudo cp -rf /home/tu-usuario/Documentos/* /media/mi-pendrive

Copiar archivos, carpetas y subcarpetas preguntando si desea sobrescribir datos de destino:

sudo cp -ri /home/tu-usuario/Documentos/* /media/mi-pendrive