A la hora de realizar una web, lo primero que debemos seleccionar es la codificación de los documentos y datos. El estándar (como comentamos anteriormente) es UTF-8, configurar correctamente nuestra codificación UTF-8 en nuestros proyectos es muy importante:
Configurar UTF-8 en apache o htaccess:
AddDefaultCharset utf-8

Configurar UTF-8 en html: Añadimos en el head.

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />

Configurar UTF-8 en mysql:
Configuraremos nuestras tablas con cotejamiento utf8_spanish_ci.
Configurar UTF-8 en consultas mysql desde php:
Añadir después de realizar el mysql_select_db, la función:

mysql_query("SET NAMES 'utf8'");