En este caso concatena cada dos líneas del fichero, podemos cambiar ese parámetro donde ($i%2), simplemente especificar otro número y lo utilizará para la concatenación, veamos un ejemplo: ejem.txt:

1 
2 
3 
4  
5

Vamos a concatenar cada dos líneas:
$ perl -pe 'chomp;$i++;unless($i%2){$_.="\n"};' ejem.txt 
1 2 
3 4 
5

Y si cambiamos el parámetro a 3:
$ perl -pe 'chomp;$i++;unless($i%3){$_.="\n"};' ejem.txt 
1 2 3 
4 5

Si revisáis bien el comando veréis que también podéis modificar el comportamiento para que en lugar de un salto de línea ({$_.=”\n”}) utilice otro delimitador, como tabulación por ejemplo ({$_.=”\t”}:
$ perl -pe 'chomp;$i++;unless($i%3){$_.="\t"};' ejem.txt 
1 2 3 	4 5